CIP系統(tǒng)的基本清洗程序一般按以下的要求進(jìn)行：水沖洗-酸洗(或堿洗，或先堿后酸)-水沖洗-消毒液沖洗-(無菌水沖洗)。其操作過程及要求說明如下：
1. 第一次水沖洗又叫“前洗”，主要是將被清洗的設(shè)備、容器、管道中物料的殘渣、粘滯的液體盡可能沖洗掉，使之不會進(jìn)入洗滌劑罐。用于前洗的水一般都是排放掉的，為了節(jié)約用水，前洗水常常是使用后洗水的回收部分。而且前洗水罐一般都比較大，前洗過程大約需要10~15min，被清洗的設(shè)備越大，沖洗時間越長，如果使用的清洗設(shè)備越簡單，例如使用洗球形式，沖洗時間也比較長。
2. 酸洗或堿洗，即在前洗的基礎(chǔ)上用堿性洗滌劑或酸性洗滌劑對設(shè)備進(jìn)行較為徹底的清洗。清除粘結(jié)的殘余有機物，包括黏性較大的顆粒殘留物如淀粉顆粒、酒花樹脂、蛋白質(zhì)，加熱表面被燒結(jié)的糊狀物、焦糖之類，還包括必須使用酸或堿才能溶解的其他固體物質(zhì)。這個沖洗時間比較長，大約需要20~40min，這是CIP清洗的主要清洗程序，真正的洗滌效果體現(xiàn)在這個過程中。
3. 第二次水洗，又叫“后洗”，是在酸洗或堿洗以后，將殘留在容器、管道內(nèi)的堿或酸沖洗掉，直至沖出的水呈現(xiàn)中性時為止。在“后洗”時，要注意幾個問題，一是為了防止酸性洗滌劑或堿性洗滌劑被水稀釋，必須將所有的酸或堿全部回收以后方可進(jìn)行后洗。二是為了
4. 消毒液沖洗，為了保證在冷洗和酸洗情況下進(jìn)一步滿足設(shè)備、管道的無菌條件、往往在后洗結(jié)束后再用合適濃度的消毒劑水溶液再沖洗一次。這種消毒劑最好在沖洗后，其殘留液不會對產(chǎn)品產(chǎn)生任何影響，對設(shè)備也沒有強烈的腐蝕作用，如過氧乙酸、二氧化氯、過氧化氫等，這樣就不必再用無菌水進(jìn)行重復(fù)沖洗了。近代啤酒釀造為了保證產(chǎn)品質(zhì)量和食品的安全性，強烈反對使用甲醛之類的殺菌劑對大罐、清酒罐和啤酒設(shè)備管道進(jìn)行殺菌處理，因為甲醛殘留會造成啤酒的口感和飲用安全性出現(xiàn)問題。
5. 無菌水沖洗，應(yīng)該說用無菌水沖洗本身是一種極為不合理的做法，因為一是制備無菌水要求比較高，包括貯存容器和管道在內(nèi)的設(shè)備都必須滿足無菌條件。二是無菌水的無菌狀態(tài)如不能滿足要求，則沖洗效果適得其反。三是使用CIP的沖洗過程時間延長、沖洗水量增加?，F(xiàn)代啤酒工業(yè)并不提倡使用無菌水沖洗的方式，但是，也不反對一些習(xí)慣的、確保消毒后的沖洗做法。比較合理的方法是對后洗水的潔凈程度和可消毒效果的控制，例如，水中添加過氧化氫或使用經(jīng)稀釋的過氧乙酸溶液，能滿足最后次沖洗的要求，這樣就能省去消毒液和無菌水兩次沖洗的程序，不僅可以節(jié)約用水，而且也減少了每次CIP洗滌的時間。
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